获取基因Splicing Target Discovery统计数据
<p>[TOC]</p>
<h5>简要描述</h5>
<ul>
<li>获取基因Splicing Target Discovery统计数据</li>
</ul>
<h5>请求URL</h5>
<ul>
<li><code>http://119.136.27.201:3200/discovery/rna_seq</code>
<h5>请求方式</h5></li>
<li>GET</li>
</ul>
<h5>参数</h5>
<table>
<thead>
<tr>
<th style="text-align: left;">参数名</th>
<th style="text-align: left;">必选</th>
<th style="text-align: left;">类型</th>
<th>说明</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align: left;">limit</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">int</td>
<td>分页大小， 默认30</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">offset</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">int</td>
<td>分页偏移量， 默认0</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">gene</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>Gene symbol筛选</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">compound_id</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>Compound ID筛选，多选以“,”分隔</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">log2fc_min</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>log2fc筛选，填入”log2 FC >“ 框内的数值</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">log2fc_max</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>log2fc筛选，填入”log2 FC <“ 框内的数值</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">q_value</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>q_value筛选，填入”q_value <“ 框内的数值</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">p_value</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>p_value筛选，填入”p_value <“ 框内的数值</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">order</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">int</td>
<td>倒序字段，可选："batch", "p_value", "q_value", "log2_fold_change", "tpm_treat", "tpm_control"</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">desc</td>
<td style="text-align: left;">否</td>
<td style="text-align: left;">int</td>
<td>排序是否倒序 1：是， 0：否 默认1</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<h5>返回示例</h5>
<pre><code>{
'data': {
'result': [{
'gene': 'ENSG00000281383',
'ensembl_gene_id': 'ENSG00000281383.1',
'compound_id': 'RC00000441-20230206',
'log2_fold_change': 3.387,
'p_value': '1.518e-06',
'qvalue': '1.182e-04',
'compound_url': 'https://revirtx.benchling.com/revirtx/f/lib_Nz4dgQWg-registry/mol_0sx1cwoS-rc00000441/edit',
'batch': '20230206',
'Scaffold': 'SR-001C',
'cell_line': 'HEK293T',
&quot;tpm_treat&quot;： 0.1,
&quot;tpm_control&quot;： 0.05,
}, {
'gene': 'RAB5IF',
'ensembl_gene_id': 'ENSG00000101084.19',
'compound_id': 'RC00000441-20230206',
'log2_fold_change': 2.001,
'p_value': '4.278e-20',
'qvalue': '6.997e-17',
'compound_url': 'https://revirtx.benchling.com/revirtx/f/lib_Nz4dgQWg-registry/mol_0sx1cwoS-rc00000441/edit',
'batch': '20230206',
'Scaffold': 'SR-001C',
'cell_line': 'HEK293T',
&quot;tpm_treat&quot;： 0.1,
&quot;tpm_control&quot;： 0.05,
}, {
'gene': 'EEF1A1P11',
'ensembl_gene_id': 'ENSG00000228502.1',
'compound_id': 'RC00000441-20230206',
'log2_fold_change': 1.997,
'p_value': 0.039,
'qvalue': 0.159,
'compound_url': 'https://revirtx.benchling.com/revirtx/f/lib_Nz4dgQWg-registry/mol_0sx1cwoS-rc00000441/edit',
'batch': '20230206',
'Scaffold': 'SR-001C',
'cell_line': 'HEK293T',
&quot;tpm_treat&quot;： 0.1,
&quot;tpm_control&quot;： 0.05,
}],
'filter': {
'compound_id': ['RC00000441-20230206', 'RC00000468-20230206', 'RC00000479-20230206', 'RC00000450-20230206'],
'batch': ['20230206'],
'compound': [&quot;RC00000468&quot;]
},
'total': 13084,
'limit': 3,
'offset': 0
},
'code': 200,
'message': 'success'
}</code></pre>
<h5>返回参数说明</h5>
<table>
<thead>
<tr>
<th style="text-align: left;">参数名</th>
<th style="text-align: left;">类型</th>
<th>说明</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align: left;">result</td>
<td style="text-align: left;">list</td>
<td>表格数据</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">gene</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>Gene symbol</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">ensembl_gene_id</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>Ensembl gene ID</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">compound_id</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>Compound Conditions</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">log2_fold_change</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>Log2 Fold Change</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">p_value</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>p value</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">q_value</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>q value</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">compound_url</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>benchling 跳转链接</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">batch</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>批次号，用于批次号筛选</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">Scaffold</td>
<td style="text-align: left;">string</td>
<td>骨架名称</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">filter</td>
<td style="text-align: left;">json</td>
<td>可用筛选字段和范围</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">tpm_treat</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>TPM (Compound Treated)</td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align: left;">tpm_control</td>
<td style="text-align: left;">number</td>
<td>TPM (DMSO)</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<h5>备注</h5>
<p>v3.2.2 增加了Scaffold字段</p>